Ban đầu, mỗi kỳ có 7.500 quân, tổng cộng 8 kỳ có 6 vạn quân[33]. Về sau, thông qua việc chinh phục các bộ lạc, số lượng binh sĩ trong các Kỳ tăng dần lên. Khi Nỗ Nhĩ Cáp Xích đánh thành Ninh Viễn, tổng binh lực quân Bát kỳ huy động đã lên đến 13 vạn.

Trước khi nhập quan, vì duy trì chế độ phân phong Bát kỳ cho các Lĩnh chủ mà các Kỳ chủ có quyền sở hữu tuyệt đối đối với tài vật và thuộc nhân trong Kỳ của mình quản lý. Nhưng từ sau khi Thuận Trị Đế đích thân thống lĩnh Thượng Tam kỳ, chế độ phân chia Bát kỳ cũ triệt để bị phá vỡ. Vì để tăng cường Trung ương tập quyền, Hoàng đế bắt đầu thu hồi quyền lực to lớn của các Kỳ chủ và các Nhập bát phân Vương công Lĩnh chủ trong Kỳ của họ[34].

Trong thời Thuận Trị, bắt đầu sử dụng chế độ mới đối với các Vương công, thay thế cho chế độ các Đại kỳ chủ chia đều quyền lực, cũng chấm dứt chế độ "Bát kỳ Nghị chính"[35]. Càng về sau, quyền khống chế của các Kỳ chủ đối với quân đội của bản Kỳ cũng dần yếu đi.

Đến thời Ung Chính, để tiến xa hơn một bước trên con đường tăng cường Trung ương tập quyền, Ung Chính Đế lấy lý do "Thiên hạ không thể có hai mặt trời" hạ chỉ dụ, xác định vị trí "Bát kỳ cộng chủ" (Chủ nhân chung của toàn bộ Bát kỳ) là Hoàng đế, chính thức chấm dứt quyền sỡ hữu trực tiếp của các Kỳ chủ đối với mỗi Kỳ (bao gồm quân đội, quan viên, tài vật,...)[36], chỉ lưu lại quyền khống chế trực tiếp đối với thuộc hạ tầng lớp Bao y. Từ đây, tất cả Kỳ phân Tá lĩnh đều hoàn toàn trực thuộc Hoàng đế. Quyền bổ nhiệm và bãi miễn quan viên trong Kỳ của mỗi Kỳ chủ bị đoạt đi toàn bộ, chưa kể trước đó trong thời Khang Hi, Đô thống Bát kỳ thi hành chế độ nhậm chức theo khóa kỳ, tránh việc các Vương công nắm thực quyền lớn[37].

Năm Ung Chính nguyên niên (1723), nhà Thanh chính thức thiết lập Nha môn cho Đô thống Bát kỳ, chấm dứt tình trạng các Đô thống "làm việc tại phủ", không có công sở nha môn đã kéo dài trong suốt hơn 100 năm qua.

Trên phương diện chính trị, nhà Thanh áp dụng chế độ phân chia "Kỳ nhân"[note 7] và "Dân nhân"[note 8]. Trên đất của người Hán, nhà Thanh vẫn áp dụng những chính sách cai trị cũ của nhà Minh, nhưng những người chịu sự quản lý của chế độ Bát kỳ thì có một hệ thống quản lý riêng, dường như giống với "Bên trong Trung Quốc có một Mãn Châu quốc"[38]. Nhà Thanh lấy chế độ Bát kỳ làm hệ thống căn bản của quốc gia[39], vì vậy những "Kỳ nhân" luôn có đặc quyền nhất định từ giáo dục, khoa cử, nhậm chức đến kinh tế, quân sự. Chức nghiệp chính của phần lớn con em Bát kỳ là mặc giáp tòng quân, "toàn dân đều là binh", thời bình thì tham gia sản xuất, thời chiến thì tòng chinh.

Sau khi nhập quan, vì để củng cố sự thống trị, đồng thời giải quyết nỗi lo về sau của quan binh Bát kỳ, nhà Thanh thiết lập chế độ quân đội Bát kỳ thường trực và chế độ lương bổng[40].